Een ePub, het bronbestand van een e-boek, komt in 2 formaten. Dat is te vergelijken met een afbeelding die je als jpg op kan slaan of als gif. Gif-formaat kan animatie aan, een jpg niet. Iets dergelijks is ook het verschil tussen epub2 en epub3. Epub3 kan animaties aan en epub3 ondersteunt functies als tekst-naar-spraak. Iets wat epub2 dus niet kan.
Je beslist bij het maken van de epub welk formaat je wilt. Net zoals je een afbeelding op wilt slaan en je de keuze maakt tussen jpg of gif, moet je die keuze ook maken als je een document converteert naar epub. Het is dus bij het maken van het e-boek dat je het formaat bepaalt.

ePub 2 is momenteel het standaard e-boekformaat. Maar eind mei 2025 treedt een wet in werking waardoor je enkel e-boeken als ePub3 aan mag leveren. De European Accessibility Act (EAA) is een wet van de Europese Unie die als doel heeft o.a. e-boeken toegankelijker te maken voor mensen met een beperking, zoals een visuele beperking. Omdat epub3 tekst-naar-spraak ondersteunt en epub2 niet, voldoet epub2 vanaf ingangsdatum van de wet niet meer aan de eisen. Maar tot die tijd is het mogelijk om epubs als epub2 aan te leveren.
ePub2 stelt heel andere en ook minder eisen aan het brondocument dan ePub3. ePub3 is technisch complexer en moet dus aan veel meer regels voldoen dan ePub2.